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Run: ERR4815698
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Run ID: ERR4815698

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:00:53

Number of reads: 810405

Percentage reads mapped: 91.35

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761127 p.Ser441Ala missense_variant 0.15 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5575 c.336C>T synonymous_variant 0.13
gyrB 5608 c.369C>T synonymous_variant 0.11
gyrA 6358 c.-944C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575354 p.Gly3Ser missense_variant 0.22
rpoB 761132 c.1326G>T synonymous_variant 0.11
rpoB 761133 c.1327T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761278 p.Ile491Asn missense_variant 0.12
rpoC 762779 c.-591C>T upstream_gene_variant 0.25
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764623 c.1254C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 766175 p.Val936Phe missense_variant 0.22
rpoC 766784 c.3419_3421dupAGG disruptive_inframe_insertion 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776109 p.Met791Thr missense_variant 0.14
mmpL5 777627 p.Tyr285Cys missense_variant 0.11
mmpL5 777765 p.Gly239Glu missense_variant 0.14
mmpL5 778235 p.Phe82Leu missense_variant 0.15
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800733 c.-76A>G upstream_gene_variant 0.11
fbiC 1302967 p.Pro13Thr missense_variant 0.11
fbiC 1304052 c.1122G>A synonymous_variant 0.12
fbiC 1304559 c.1629G>A synonymous_variant 0.12
embR 1416416 p.Gly311Glu missense_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473288 n.1443C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
inhA 1674784 p.Arg195Trp missense_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918566 c.627C>T synonymous_variant 0.14
tlyA 1918609 p.Gly224Ser missense_variant 0.15
katG 2154602 p.Gly504Arg missense_variant 0.13
PPE35 2170588 p.Glu9Lys missense_variant 0.25
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2747243 p.Gln119Pro missense_variant 0.12
pepQ 2859708 p.Phe237Leu missense_variant 0.13
pepQ 2859715 p.Arg235His missense_variant 0.12
Rv2752c 3064814 p.Ile460Phe missense_variant 0.1
Rv2752c 3065160 c.1032C>T synonymous_variant 0.12
Rv2752c 3065221 p.Arg324Leu missense_variant 0.11
Rv2752c 3065749 p.His148Arg missense_variant 0.1
Rv2752c 3067168 c.-977G>C upstream_gene_variant 0.25
thyX 3067506 p.Leu147Gln missense_variant 0.11
thyX 3067592 c.354G>T synonymous_variant 0.14
thyA 3074645 c.-174T>G upstream_gene_variant 0.3
fbiD 3339473 p.Ala119Val missense_variant 0.18
fprA 3474107 p.Met34Arg missense_variant 0.1
fprA 3475016 p.Gln337Pro missense_variant 0.25
Rv3236c 3612304 c.813C>T synonymous_variant 0.12
rpoA 3878174 p.Pro112Ser missense_variant 0.1
rpoA 3878177 p.Val111Met missense_variant 0.1
rpoA 3878178 p.Ile110Thr missense_variant 0.1
rpoA 3878182 p.Asp109Gly missense_variant 0.1
clpC1 4039643 c.1062C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4040520 p.Gln62Pro missense_variant 0.13
embC 4239767 c.-96G>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243395 p.Ile55Phe missense_variant 0.11
embA 4244243 c.1011G>A synonymous_variant 0.14
embB 4245635 c.-879A>G upstream_gene_variant 0.12
embB 4247523 p.Leu337Gln missense_variant 0.11
embB 4248434 p.Ala641Thr missense_variant 0.11
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
ubiA 4269433 p.Met134Thr missense_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0