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Run: ERR4815783

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Run ID: ERR4815783

Sample name:

Date: 20-10-2023 07:55:26

Number of reads: 5229260

Percentage reads mapped: 93.55

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.799C>T (0.26), rrs n.888G>A (0.73)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides R rrs n.1402C>A (0.52), rrs n.1484G>T (0.41)
Amikacin R rrs n.1402C>A (0.52), rrs n.1484G>T (0.41)
Capreomycin R rrs n.1402C>A (0.52), rrs n.1484G>T (0.41)
Kanamycin R rrs n.1402C>A (0.52), rrs n.1484G>T (0.41)
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 0.99
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1471925 n.80_81insAAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471931 n.87_89delAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474181 n.524_527delCCTCinsTAA non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475756 n.2101_2108delACCCGCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475767 n.2110_2112delGGTinsTCACTTTGGTGGC non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476034 n.2377_2378insACAT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476048 n.2391G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476049 n.2392C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
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rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
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rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
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