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Run: ERR4815804
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Run ID: ERR4815804

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:04:42

Number of reads: 4309642

Percentage reads mapped: 98.15

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168863 c.1750C>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0