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Run ID: ERR4817127

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:49:05

Number of reads: 982510

Percentage reads mapped: 90.65

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4326250 p.Tyr408* stop_gained 0.11 ethionamide
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7899 p.Ala200Pro missense_variant 0.1
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.2
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.12
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417146 c.201dupC frameshift_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475959 n.2302C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rpsA 1833949 c.408T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834012 c.471G>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834222 c.681T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834228 c.687C>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1834246 c.705G>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.25
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.24
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.12
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168239 p.Pro792Thr missense_variant 0.17
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
folC 2747342 p.Val86Ala missense_variant 0.15
thyX 3067654 p.His98Asn missense_variant 0.1
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087295 p.Leu159Pro missense_variant 0.13
fbiD 3339237 c.120G>T synonymous_variant 0.1
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4241481 p.Leu540Ser missense_variant 0.14
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
aftB 4268234 c.603G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4326187 c.1287G>A synonymous_variant 0.11
ethR 4327988 p.Ala147Asp missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0