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Run: ERR4817619
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Run ID: ERR4817619

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Date: 01-04-2023 15:05:50

Number of reads: 3235541

Percentage reads mapped: 92.61

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472396 n.551A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472979 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474765 n.1108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475995 n.2338G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476187 n.2530T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0