Run ID: ERR4817761
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:10:48
Number of reads: 1766046
Percentage reads mapped: 98.48
Strain: lineage4.6.1.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.6 | Euro-American | T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.6.1 | Euro-American (Uganda) | T2 | RD724 | 0.99 |
lineage4.6.1.1 | Euro-American | T2-Uganda | RD724 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7539 | p.Thr80Ala | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 619831 | c.-60T>G | upstream_gene_variant | 0.26 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472123 | n.278A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472344 | n.499C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472396 | n.551A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.48 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.52 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.58 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rrs | 1472827 | n.982G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472958 | n.1113A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472974 | n.1129A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472988 | n.1143T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
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rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
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rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1474384 | n.727C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474463 | n.806G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474636 | n.979A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476250 | n.2593C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476280 | n.2623A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2222359 | p.Leu269Pro | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065273 | p.Thr307Pro | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoA | 3878527 | c.-20C>T | upstream_gene_variant | 0.15 |
ddn | 3986958 | p.Gly39Ser | missense_variant | 1.0 |
embC | 4242495 | p.Asp878Gly | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ethA | 4328329 | c.-856C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |