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Run: ERR4818104

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Run ID: ERR4818104

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:22:21

Number of reads: 1269014

Percentage reads mapped: 96.11

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7323 p.Pro8Ala missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 576317 p.Arg324Trp missense_variant 0.11
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764543 p.Thr392Ala missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776659 p.Asp608Asn missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472838 n.993A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472844 n.999C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472849 n.1004C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472857 n.1012A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472863 n.1018T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472869 n.1024G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472878 n.1033G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473710 n.53A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474750 n.1093C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475806 n.2149T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168501 p.Phe704Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726341 p.Val50Gly missense_variant 0.16
thyA 3074645 c.-174T>G upstream_gene_variant 0.29
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4241677 c.1815G>C synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4247121 p.Ser203Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0