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Run: ERR4818432
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Run ID: ERR4818432

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:33:14

Number of reads: 1639843

Percentage reads mapped: 94.87

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472307 n.462C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406101 p.Pro414Ser missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472027 n.183_189delACGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472037 n.192_193insCTTTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472057 n.212C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472062 n.217G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472069 n.224G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472138 n.293C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472147 n.302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472249 n.409delG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472278 n.433C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472431 n.586G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472452 n.607G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472840 n.995A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472844 n.999C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472845 n.1000G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472846 n.1001C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472848 n.1003T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472863 n.1018T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472866 n.1021C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472875 n.1030T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473026 n.1181T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476034 n.2377C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476040 n.2383C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476080 n.2423T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476085 n.2428G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476213 n.2556G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476255 n.2598A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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