Run ID: ERR4818432
Sample name:
Date: 01-04-2023 15:33:14
Number of reads: 1639843
Percentage reads mapped: 94.87
Strain: lineage4.5
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.5 | Euro-American | H;T | RD122 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
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fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
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gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7892 | c.591G>A | synonymous_variant | 1.0 |
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ccsA | 620029 | c.139C>T | synonymous_variant | 1.0 |
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rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406101 | p.Pro414Ser | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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