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Run: ERR4818655
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Run ID: ERR4818655

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:40:47

Number of reads: 871374

Percentage reads mapped: 93.42

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 0.99
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 8071 p.Val257Asp missense_variant 0.15
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491616 p.Glu278Asp missense_variant 1.0
rpoB 761486 c.1680C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 762560 c.-810A>G upstream_gene_variant 0.11
rpoB 762616 p.Gly937Asp missense_variant 0.13
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766654 c.3285C>A synonymous_variant 0.15
rpoC 766996 c.3627C>T synonymous_variant 0.15
rpoC 767020 c.3651C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 767023 c.3654C>T synonymous_variant 0.1
rpoC 767038 c.3669G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 767044 c.3675G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781676 c.117C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474945 n.1288C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
inhA 1674427 p.Gly76Cys missense_variant 0.25
rpsA 1833377 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.12
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102207 p.Gly279Val missense_variant 0.14
ndh 2102905 c.138C>T synonymous_variant 1.0
katG 2154672 c.1440G>A synonymous_variant 0.2
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289273 c.-32C>A upstream_gene_variant 0.15
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
ahpC 2726575 p.Asp128Val missense_variant 0.11
Rv2752c 3064963 p.Ala410Asp missense_variant 0.13
Rv2752c 3065002 p.His397Leu missense_variant 0.17
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3640956 c.-579G>T upstream_gene_variant 0.12
fbiB 3642487 p.Arg318Gln missense_variant 0.14
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038881 c.1824C>A synonymous_variant 0.17
clpC1 4040036 c.669C>G synonymous_variant 0.22
clpC1 4040042 c.663C>T synonymous_variant 0.2
clpC1 4040066 c.639G>C synonymous_variant 0.2
embC 4241150 p.Ile430Val missense_variant 0.1
embC 4241658 p.Ser599Leu missense_variant 0.13
embC 4242182 p.Ala774Ser missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4245349 p.Ala706Val missense_variant 0.15
ethA 4326349 c.1125C>T synonymous_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0