TB-Profiler result

Run: ERR4818948
Summary

Run ID: ERR4818948

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:50:37

Number of reads: 1343720

Percentage reads mapped: 96.66

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.21
rpoB 761084 c.1278C>A synonymous_variant 0.12
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.12
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761097 c.1291_1293delAGCinsTCG synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761786 c.1980C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 764359 c.990C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764377 c.1008C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764380 c.1011G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764387 c.1018_1020delTTGinsCTC synonymous_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775736 c.2745C>G synonymous_variant 0.11
mmpL5 775741 c.2740C>T synonymous_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476267 n.2610G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rpsA 1834836 p.Met432Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168863 c.1750C>T synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
Rv2752c 3067135 c.-944C>T upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4241111 p.Val417Met missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407720 c.483C>G synonymous_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0