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Run: ERR4818958
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Run ID: ERR4818958

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:50:55

Number of reads: 1622705

Percentage reads mapped: 91.39

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7457 c.156T>C synonymous_variant 0.11
gyrA 7463 c.162G>C synonymous_variant 0.11
gyrA 7472 c.171T>C synonymous_variant 0.12
gyrA 7475 c.174A>G synonymous_variant 0.12
gyrA 7480 p.Phe60Tyr missense_variant 0.12
gyrA 7484 c.183T>C synonymous_variant 0.12
gyrA 7490 c.189C>A synonymous_variant 0.12
gyrA 7496 c.195C>A synonymous_variant 0.12
gyrA 7499 c.198G>C synonymous_variant 0.12
gyrA 7523 c.222C>G synonymous_variant 0.12
gyrA 7526 c.225G>T synonymous_variant 0.11
gyrA 7532 c.231T>G synonymous_variant 0.12
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 760361 c.555T>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761165 c.1359G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761168 c.1362C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761180 c.1374A>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761219 c.1413G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761234 c.1428G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761249 c.1443A>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761255 c.1449T>G synonymous_variant 0.13
rpoB 761258 c.1452G>A synonymous_variant 0.13
rpoB 761261 c.1455G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761264 c.1458C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761273 c.1467T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761615 c.1809A>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761636 c.1830G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761645 c.1839C>G synonymous_variant 0.16
rpoB 761666 c.1860G>C synonymous_variant 0.15
rpoB 761669 c.1863C>T synonymous_variant 0.12
rpoB 761690 c.1884G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761693 c.1887G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.16
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766070 c.2701C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472838 n.993A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472846 n.1001C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472847 n.1002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472861 n.1016G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1113A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473001 n.1156G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474376 n.719T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474507 n.850G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1474717 n.1060A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474743 n.1086T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475061 n.1406delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1475202 n.1545G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475209 n.1552G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475213 n.1556C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475443 n.1786G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475760 n.2105_2106delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476085 n.2428G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476105 n.2448G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476106 n.2449A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476114 n.2457T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476299 n.2642C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474767 p.Gly254Ala missense_variant 1.0
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 0.96
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0