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Run: ERR4819041
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Run ID: ERR4819041

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:53:31

Number of reads: 1221474

Percentage reads mapped: 93.27

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491616 p.Glu278Asp missense_variant 1.0
rpoB 760547 c.741G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 760553 c.747C>G synonymous_variant 0.1
rpoB 760571 c.765G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 760589 c.783C>G synonymous_variant 0.11
rpoB 760591 p.Val262Ala missense_variant 0.11
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764755 c.1386C>T synonymous_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781676 c.117C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473081 n.1236C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473082 n.1237G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473129 n.1284C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473130 n.1285G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1473559 n.-99G>A upstream_gene_variant 0.11
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474822 n.1165G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475060 n.1404delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475063 n.1406A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1408G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475068 n.1411A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475076 n.1419C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475078 n.1421T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475081 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475084 n.1427G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475088 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475113 n.1456C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475116 n.1459G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476047 n.2390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476300 n.2643G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339029 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473887 c.-120A>G upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642316 p.Arg261Met missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embC 4242182 p.Ala774Ser missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249743 p.Gln1077Arg missense_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0