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Run: ERR4819310
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Run ID: ERR4819310

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:02:47

Number of reads: 6788890

Percentage reads mapped: 98.84

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760106 c.300G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475172 n.1515A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476197 n.2540T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476209 n.2552A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
ethA 4326761 p.Val238Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407686 p.Glu173Gln missense_variant 1.0