TB-Profiler result

Run: ERR4819515
Summary

Run ID: ERR4819515

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:09:20

Number of reads: 807779

Percentage reads mapped: 95.01

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: HR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620631 c.741T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.1
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764602 c.1233C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764605 c.1236G>T synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777119 p.His454Gln missense_variant 0.1
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.11
mmpL5 777128 c.1353A>G synonymous_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472664 n.819A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1473634 n.-24A>G upstream_gene_variant 0.12
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475754 n.2097G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475774 n.2117C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475780 n.2123A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169337 p.Asp426His missense_variant 0.12
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.14
PPE35 2169910 p.Asn235Tyr missense_variant 0.19
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.23
folC 2746546 p.Asp351Glu missense_variant 0.11
thyA 3074645 c.-174T>G upstream_gene_variant 0.27
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3841589 c.-170delG upstream_gene_variant 0.11
ddn 3987091 p.Glu83Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244638 p.Val469Gly missense_variant 0.25
embB 4246959 p.Glu149Val missense_variant 0.12
embB 4249224 p.Met904Thr missense_variant 0.1
ubiA 4269226 p.Gly203Asp missense_variant 0.12
ethA 4326379 c.1095G>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0