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Run: ERR4820001
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Run ID: ERR4820001

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:25:48

Number of reads: 2106898

Percentage reads mapped: 98.69

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303747 p.Thr273Ala missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472638 n.793A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472972 n.1127T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473011 n.1166G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476259 n.2602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>G upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246151 c.-363A>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0