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Run: ERR4820690
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Run ID: ERR4820690

Sample name:

Date: 01-04-2023 16:49:21

Number of reads: 1183296

Percentage reads mapped: 92.77

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7221 p.Ser661Thr missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764541 p.Val391Gly missense_variant 0.1
rpoC 764543 p.Thr392Asp missense_variant 0.13
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
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rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
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