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Run: ERR4821200
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Run ID: ERR4821200

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:07:16

Number of reads: 2846446

Percentage reads mapped: 99.17

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9797 c.2496C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304846 p.Ala639Val missense_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476307 n.2652_2654delGGG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726210 c.18T>C synonymous_variant 0.99
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.99
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
rpoA 3877553 p.Glu319Lys missense_variant 1.0
rpoA 3878617 c.-110C>A upstream_gene_variant 0.67
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
ubiA 4269933 c.-100C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0