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Run: ERR4821332
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Run ID: ERR4821332

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:11:48

Number of reads: 2449882

Percentage reads mapped: 98.81

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4327222 p.Tyr84* stop_gained 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473083 n.1238G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473122 n.1281delA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473226 n.1381C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476357 n.2700T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640814 p.Glu91Gly missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
ethA 4327540 c.-67C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0