Run ID: ERR4821402
Sample name:
Date: 01-04-2023 17:14:24
Number of reads: 5321262
Percentage reads mapped: 99.27
Strain: lineage4.3.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 1.0 |
lineage4.3.3 | Euro-American (LAM) | LAM;T | RD115 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7853 | c.552C>T | synonymous_variant | 1.0 |
gyrA | 8040 | p.Gly247Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472102 | n.257G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472112 | n.267C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472597 | n.752G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472755 | n.910G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.46 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.34 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
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rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
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rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
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rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrl | 1474015 | n.358T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1474571 | n.914G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476046 | n.2389G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476164 | n.2507A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476194 | n.2537A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476200 | n.2543A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476201 | n.2544C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476337 | n.2680C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518919 | p.Gly269Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065824 | p.Pro123Leu | missense_variant | 1.0 |
thyX | 3067899 | p.Asp16Gly | missense_variant | 1.0 |
thyA | 3073868 | p.Thr202Ala | missense_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
clpC1 | 4038287 | c.2418C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 1.0 |