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Run: ERR4821564
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Run ID: ERR4821564

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:19:37

Number of reads: 1715299

Percentage reads mapped: 97.24

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 779176 p.Ser63Gly missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472504 n.659A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472505 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475877 n.2220C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475878 n.2221T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
inhA 1674414 c.213G>A synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448495 c.-9G>A upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038701 c.2004G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethR 4327588 p.Gly14Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0