Run ID: ERR4828811
Sample name:
Date: 01-04-2023 19:06:10
Number of reads: 2886198
Percentage reads mapped: 87.02
Strain: lineage4.1.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.18 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1304121 | c.1191A>G | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471986 | n.141C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472075 | n.230A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472078 | n.233C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472164 | n.319G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472177 | n.332C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472214 | n.369C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472225 | n.380C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472235 | n.390G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472240 | n.395G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472379 | n.534T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472382 | n.537G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472687 | n.842A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472692 | n.847T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472697 | n.852T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472707 | n.862A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472714 | n.869A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.45 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472754 | n.909G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1472755 | n.910G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 |
rrs | 1472790 | n.945T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472827 | n.982G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1472828 | n.983T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472887 | n.1042G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.31 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473105 | n.1260G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473122 | n.1277T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473283 | n.1438T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473288 | n.1443C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473290 | n.1445C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473294 | n.1449A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473315 | n.1470T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1473324 | n.1479G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1473845 | n.188G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1474831 | n.1174A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.6 |
rrl | 1475836 | n.2179C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1475883 | n.2226A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475884 | n.2227A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475896 | n.2239A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475897 | n.2240T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475898 | n.2241A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475899 | n.2242G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1475943 | n.2286G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475952 | n.2295A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476584 | n.2927C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476585 | n.2928A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476594 | n.2937C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476603 | n.2946G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrl | 1476608 | n.2951C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476614 | n.2957A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rpsA | 1834548 | p.Gln336Arg | missense_variant | 0.99 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726210 | c.18T>C | synonymous_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3083 | 3449926 | p.Glu475Lys | missense_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiA | 3641447 | p.Thr302Met | missense_variant | 1.0 |
rpoA | 3877553 | p.Glu319Lys | missense_variant | 1.0 |
rpoA | 3878648 | c.-141C>G | upstream_gene_variant | 0.18 |
embC | 4240897 | c.1035C>G | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4246584 | p.Arg24Pro | missense_variant | 0.14 |
embB | 4249408 | c.2895G>A | synonymous_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338498 | p.Glu8Asp | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |