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Run: ERR5917972

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Run ID: ERR5917972

Sample name:

Date: 02-04-2023 00:59:37

Number of reads: 3047166

Percentage reads mapped: 91.49

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: MDR-TB


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.11
rpoC 763594 c.225C>T synonymous_variant 0.13
rpoC 764566 c.1197C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 764572 c.1203G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 0.15
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.15
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.11
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.11
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471932 n.87A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472279 n.434T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472297 n.453_461delGTCCGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472309 n.464C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472311 n.466C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472312 n.468_470delGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472674 n.829T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472675 n.832delC non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472837 n.992C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472838 n.993A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472844 n.999_1000insCG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472849 n.1005_1006delTA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472856 n.1011T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472858 n.1013G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472861 n.1016G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472869 n.1024G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472873 n.1028C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472875 n.1031delG non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474182 n.525C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474291 n.635_649delTTCCTCTCCGGAGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474497 n.840G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474798 n.1141C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
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rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474951 n.1294C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474963 n.1306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1475480 n.1823A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1475486 n.1829A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475499 n.1842C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475500 n.1843A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476087 n.2430C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476089 n.2432T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476091 n.2434_2435insG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1476103 n.2446C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476110 n.2453G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476113 n.2456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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