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Run: ERR6197036
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Run ID: ERR6197036

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:56

Number of reads: 31433

Percentage reads mapped: 10.68

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
rpoC 764551 c.1182G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764575 c.1206T>G synonymous_variant 1.0
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 1.0
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775691 c.2790G>A synonymous_variant 0.67
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472100 n.255T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472118 n.273A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472635 n.790G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472648 n.803G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472669 n.824_825insTGGA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472735 n.890C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473005 n.1160C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473144 n.1299T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473158 n.1313T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473167 n.1322T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473177 n.1332G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473193 n.1348G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473200 n.1355A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473204 n.1359C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473285 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1473718 n.61G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473721 n.64G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473722 n.65G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473731 n.74T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473744 n.87T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473746 n.89T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473747 n.90C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473751 n.94C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473753 n.96A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474280 n.623C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474284 n.631_633delCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474317 n.660G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474674 n.1017A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474675 n.1018C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474797 n.1140G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474823 n.1166C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474824 n.1167A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474826 n.1169T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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