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Run: ERR6865587
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Run ID: ERR6865587

Sample name:

Date: 02-04-2023 02:59:10

Number of reads: 1865302

Percentage reads mapped: 96.97

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9620 c.2319G>A synonymous_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 763381 c.12C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474770 n.1113G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0