Run ID: SRR13861359
Sample name:
Date: 03-04-2023 09:29:49
Number of reads: 146515
Percentage reads mapped: 7.33
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7018 | c.-284G>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
mshA | 576668 | c.1322dupA | frameshift_variant&stop_gained | 1.0 |
rpoC | 765100 | c.1731G>C | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776059 | p.Val808Met | missense_variant | 1.0 |
fbiC | 1304599 | p.Ile557Phe | missense_variant | 1.0 |
embR | 1417348 | c.-1A>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472936 | n.1091C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472958 | n.1113A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472959 | n.1114T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472963 | n.1118G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472971 | n.1126G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
rrs | 1472982 | n.1137G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472987 | n.1142G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472988 | n.1143T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473002 | n.1157G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473004 | n.1159T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473008 | n.1163C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473009 | n.1164T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.71 |
rrs | 1473044 | n.1199C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1473051 | n.1206T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473053 | n.1208T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476311 | n.2654G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476312 | n.2655T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476313 | n.2656G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrl | 1476336 | n.2679C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476356 | n.2699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476357 | n.2700T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
rrl | 1476358 | n.2701T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476369 | n.2712C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476382 | n.2725A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476383 | n.2726T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.91 |
rrl | 1476384 | n.2727G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.93 |
rrl | 1476408 | n.2751G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476411 | n.2754G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476425 | n.2768G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.95 |
rrl | 1476442 | n.2785T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.97 |
rrl | 1476443 | n.2786G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.98 |
rrl | 1476455 | n.2798C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476456 | n.2799A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.92 |
rrl | 1476463 | n.2806C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 |
rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.57 |
rpsA | 1833855 | p.Lys105Thr | missense_variant | 1.0 |
kasA | 2518276 | p.Trp54* | stop_gained | 1.0 |
kasA | 2518352 | p.Met80Val | missense_variant | 1.0 |
eis | 2714478 | c.855C>A | synonymous_variant | 1.0 |
pepQ | 2860170 | c.248_249insA | frameshift_variant | 1.0 |
Rv2752c | 3065335 | p.Leu286Arg | missense_variant | 1.0 |
fbiB | 3641019 | c.-516G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiB | 3641941 | p.Leu136Gln | missense_variant | 1.0 |
embC | 4241292 | p.Leu477Gln | missense_variant | 1.0 |
embC | 4242011 | p.Leu717Val | missense_variant | 1.0 |
embB | 4248720 | p.Gly736Ala | missense_variant | 1.0 |
embB | 4249676 | p.Arg1055Cys | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4267927 | p.Ala304Ser | missense_variant | 1.0 |