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Run: SRR2101651
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Run ID: SRR2101651

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:50:28

Number of reads: 1166740

Percentage reads mapped: 94.62

Strain: lineage4.3.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.2 Euro-American (LAM) LAM3 None 1.0
lineage4.3.2.1 Euro-American (LAM) LAM3 RD761 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5520 p.Pro94Leu missense_variant 1.0
gyrA 7222 c.-80C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.31
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472337 n.492C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473094 n.1249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473123 n.1278A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473127 n.1282G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
thyA 3074648 c.-177T>G upstream_gene_variant 0.3
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339364 p.Pro83Ser missense_variant 0.14
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641160 c.-375C>A upstream_gene_variant 0.11
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267913 c.924G>T synonymous_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0