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Run: SRR2101730
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Run ID: SRR2101730

Sample name:

Date: 03-04-2023 23:52:59

Number of reads: 362589

Percentage reads mapped: 93.39

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777400 p.Thr361Ala missense_variant 0.17
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473084 n.1239T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
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Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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Rv3236c 3613311 c.-195T>C upstream_gene_variant 0.12
fbiA 3641447 p.Thr302Met missense_variant 1.0
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ddn 3986986 p.Leu48Pro missense_variant 0.22
embC 4240897 c.1035C>G synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0