Run ID: SRR22048375
Sample name:
Date: 04-04-2023 03:45:06
Number of reads: 4834423
Percentage reads mapped: 99.48
Strain: lineage4.1.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2 | Euro-American | T;H | None | 1.0 |
lineage4.1.2.1 | Euro-American (Haarlem) | T1;H1 | RD182 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491591 | p.Lys270Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 575679 | p.Asn111Ser | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 759852 | p.Ser16Cys | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 760115 | c.309C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777824 | p.Leu219Phe | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472389 | n.544G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472390 | n.545T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472391 | n.546C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472412 | n.567A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472415 | n.570T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472416 | n.571C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472418 | n.573T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473270 | n.1425G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1473800 | n.143G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1474723 | n.1066G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474734 | n.1077G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474736 | n.1079C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474749 | n.1092C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474751 | n.1094G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474760 | n.1103A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1474777 | n.1120T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474779 | n.1122G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474782 | n.1125G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474783 | n.1126G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474794 | n.1137C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474823 | n.1166C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474827 | n.1170C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474830 | n.1173A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1474831 | n.1174A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrl | 1475816 | n.2159C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475817 | n.2160A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrl | 1475870 | n.2213G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
kasA | 2518076 | c.-39C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612734 | p.Ser128Phe | missense_variant | 1.0 |
rpoA | 3878641 | c.-134C>G | upstream_gene_variant | 0.12 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4246567 | c.54_55insT | frameshift_variant | 0.11 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |