Run ID: SRR6045396
Sample name:
Date: 04-04-2023 11:58:27
Number of reads: 1111109
Percentage reads mapped: 66.84
Strain: lineage4.3.1.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.3 | Euro-American (LAM) | mainly-LAM | None | 0.99 |
lineage4.3.1 | Euro-American (LAM) | LAM9 | None | 0.99 |
lineage4.3.1.1 | Euro-American (LAM) | LAM9 | None | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
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gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 764995 | c.1626C>G | synonymous_variant | 0.98 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
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rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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gid | 4408156 | p.Leu16Arg | missense_variant | 0.98 |