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Run: SRR6045899
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Run ID: SRR6045899

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:07:28

Number of reads: 2598712

Percentage reads mapped: 94.44

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.99
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776823 c.1657delA frameshift_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 0.98
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472735 n.890C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474359 n.702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474372 n.715C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474928 n.1271C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474933 n.1276A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475874 n.2217C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.14
PPE35 2170395 p.Ala73Glu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 0.99
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
ethA 4327590 c.-117G>A upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0