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Run: SRR6046602
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Run ID: SRR6046602

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:19:54

Number of reads: 1925797

Percentage reads mapped: 95.89

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embA 4243221 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4248025 p.Glu504Asp missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491027 p.Asn82Thr missense_variant 0.26
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.98
fgd1 491669 p.Lys296Arg missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.4
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472675 n.830T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474450 n.793T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475743 n.2086T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475761 n.2104_2105insCCCTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475794 n.2137A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475826 n.2169T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475937 n.2280A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3642772 p.Asp413Ala missense_variant 0.27
rpoA 3878569 c.-63_-62insG upstream_gene_variant 0.33
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0