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Run: SRR6046790
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Run ID: SRR6046790

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:23:29

Number of reads: 781706

Percentage reads mapped: 43.21

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491528 p.Trp249Leu missense_variant 0.11
ccsA 619915 p.Gly9Ser missense_variant 0.14
rpoC 767133 p.Gly1255Asp missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777542 c.939G>T synonymous_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472575 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475129 n.1472G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475154 n.1497C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
inhA 1674423 c.222G>A synonymous_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167997 c.2616G>C synonymous_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2290134 c.-893G>A upstream_gene_variant 0.12
Rv3236c 3612782 p.Gly112Glu missense_variant 0.18
alr 3840689 c.732C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039420 p.Ala429Thr missense_variant 0.13
embC 4242022 c.2160G>T synonymous_variant 0.11
embC 4242286 p.Phe808Leu missense_variant 0.14
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244537 c.1305T>C synonymous_variant 0.17
embA 4244544 p.Ala438Thr missense_variant 0.17
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408001 c.201dupT frameshift_variant 1.0