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Run: SRR6046818
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Run ID: SRR6046818

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:23:44

Number of reads: 1707534

Percentage reads mapped: 90.4

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 765248 c.1879T>C synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpR5 779275 p.Arg96Gly missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.18
fbiC 1304136 c.1206C>G synonymous_variant 0.24
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472462 n.617T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472473 n.628G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472474 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472476 n.631A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472484 n.639A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474752 n.1095T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475757 n.2101_2104delACCC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
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rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
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rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 0.97
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.2
PPE35 2170147 p.Ser156Ala missense_variant 0.11
Rv1979c 2223284 c.-120C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746745 p.Val285Gly missense_variant 0.22
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.99
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.98
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 0.97
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 0.99
gid 4408149 c.54T>C synonymous_variant 1.0