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Run: SRR6398013
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Run ID: SRR6398013

Sample name:

Date: 04-04-2023 14:21:20

Number of reads: 4360589

Percentage reads mapped: 90.01

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8010 p.Ser237Ala missense_variant 0.99
gyrA 8317 p.Thr339Ile missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 0.99
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 0.98
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 0.98
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1407338 c.3G>A start_lost 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475767 n.2112_2113dupTG non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embA 4243496 c.264G>A synonymous_variant 1.0
embB 4246509 c.-5C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4268629 p.Gly70Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0