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Run: SRR8692775
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Run ID: SRR8692775

Sample name:

Date: 13-08-2023 21:46:09

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rplC 801268 p.Cys154Arg missense_variant 0.99 linezolid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
Rv1258c 1406686 p.Val219Ile missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473135 n.1290C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1473930 n.273A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474401 n.744C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474709 n.1053delT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474714 n.1058delT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474725 n.1068C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475429 n.1772G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475460 n.1803A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475479 n.1822C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475480 n.1823A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475759 n.2102C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475775 n.2118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475991 n.2334T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475995 n.2338G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476030 n.2373A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476032 n.2375C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476034 n.2377C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476035 n.2378G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476044 n.2387T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476045 n.2388G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476047 n.2390G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476049 n.2392C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476056 n.2399G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476529 n.2872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476583 n.2926G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476674 n.3017T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476679 n.3022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
PPE35 2170737 c.-125C>A upstream_gene_variant 0.17
PPE35 2170761 c.-149G>T upstream_gene_variant 0.18
PPE35 2170803 c.-191G>T upstream_gene_variant 0.13