TB-Profiler result

Run: ERR1750896
Summary

Run ID: ERR1750896

Sample name:

Date: 31-03-2023 14:58:45

Number of reads: 5122158

Percentage reads mapped: 96.49

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 0.99
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 0.99
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.97
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473134 n.1289T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474048 n.391G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474084 n.427G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474183 n.526T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474186 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474201 n.544T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474202 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474244 n.587T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474601 n.944C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474720 n.1063C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474740 n.1083G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474747 n.1090C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474800 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474987 n.1330T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475261 n.1604G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475286 n.1629T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476251 n.2594T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embC 4241185 c.1323G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0