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Run: ERR176756
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Run ID: ERR176756

Sample name:

Date: 31-03-2023 15:12:15

Number of reads: 3190709

Percentage reads mapped: 68.19

Strain: lineage4.9.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
lineage4.9.1 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8978 c.1677C>T synonymous_variant 0.99
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475092 n.1435A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475106 n.1449G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475108 n.1451C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475109 n.1452C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475115 n.1458A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475120 n.1463G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475122 n.1465C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475129 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475154 n.1497C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475167 n.1510T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475175 n.1518G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475182 n.1525T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475849 n.2192G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475853 n.2196C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223145 p.Arg7Lys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289138 p.Leu35Arg missense_variant 1.0
pncA 2289448 c.-207G>A upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.34
Rv2752c 3067191 c.-1000G>A upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073806 c.666C>G synonymous_variant 0.29
fbiD 3339153 p.Leu12Phe missense_variant 0.22
fbiD 3339385 p.Asp90Asn missense_variant 1.0
fbiB 3642772 p.Asp413Ala missense_variant 0.39
clpC1 4038857 c.1848C>A synonymous_variant 0.2
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0