Run ID: ERR176756
Sample name:
Date: 31-03-2023 15:12:15
Number of reads: 3190709
Percentage reads mapped: 68.19
Strain: lineage4.9.1
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
lineage4.9.1 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 0.98 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8978 | c.1677C>T | synonymous_variant | 0.99 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
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rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrl | 1476506 | n.2849T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223145 | p.Arg7Lys | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289138 | p.Leu35Arg | missense_variant | 1.0 |
pncA | 2289448 | c.-207G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726338 | p.Val49Gly | missense_variant | 0.34 |
Rv2752c | 3067191 | c.-1000G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
thyA | 3073806 | c.666C>G | synonymous_variant | 0.29 |
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fbiD | 3339385 | p.Asp90Asn | missense_variant | 1.0 |
fbiB | 3642772 | p.Asp413Ala | missense_variant | 0.39 |
clpC1 | 4038857 | c.1848C>A | synonymous_variant | 0.2 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |