Run ID: ERR2513149
Sample name:
Date: 31-03-2023 19:29:21
Number of reads: 2974382
Percentage reads mapped: 98.78
Strain: lineage2.2.1.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
lineage2.2.1.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD142 | RD105;RD207;RD181;RD142 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472123 | n.278A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472124 | n.279C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472155 | n.310C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472160 | n.315C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.42 |
rrs | 1472225 | n.380C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472251 | n.406G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472258 | n.413A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472259 | n.414C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
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rrs | 1472647 | n.802C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
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rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472661 | n.816A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.83 |
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rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472824 | n.979T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 |
rrs | 1472954 | n.1109T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
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rrs | 1472992 | n.1147A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.36 |
rrs | 1473005 | n.1160C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
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rrs | 1473130 | n.1285G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
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rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
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rrs | 1473221 | n.1376C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
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rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1473276 | n.1431A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473277 | n.1432G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473294 | n.1449A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473300 | n.1455C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473301 | n.1456T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1473316 | n.1471C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.67 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.55 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.65 |
rrl | 1476429 | n.2772A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
aftB | 4267647 | p.Asp397Gly | missense_variant | 1.0 |
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gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |