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Run: ERR2513819

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Run ID: ERR2513819

Sample name:

Date: 13-08-2022 10:10:30

Number of reads: 1994272

Percentage reads mapped: 94.64

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Pre-XDR-TB


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7563 p.Gly88Cys missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761139 p.His445Asp missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472359 n.514A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289245 c.-5delG upstream_gene_variant 1.0 pyrazinamide
alr 3841083 p.Leu113Arg missense_variant 1.0 cycloserine
embA 4243221 c.-12C>T upstream_gene_variant 1.0 ethambutol
embB 4248003 p.Gln497Arg missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4326773 c.699_700dupGG frameshift_variant 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303095 c.165G>A synonymous_variant 1.0
fbiC 1304962 p.Trp678Gly missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472701 n.856T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473281 n.1436_1437insT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473285 n.1440_1444delACCCT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473291 n.1449_1451delAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473304 n.1459C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473305 n.1460G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473317 n.1472G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475907 n.2250G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rpsA 1834836 p.Met432Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2156196 c.-85C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
folC 2746340 p.Ala420Val missense_variant 1.0
ribD 2986827 c.-12G>A upstream_gene_variant 0.97
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiB 3641967 p.Ala145Thr missense_variant 0.12
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038968 c.1737G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4246142 p.Leu970Phe missense_variant 0.09
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0