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Run: ERR2514215
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Run ID: ERR2514215

Sample name:

Date: 20-10-2023 11:44:31

Number of reads: 2284987

Percentage reads mapped: 95.69

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Rifampicin
Isoniazid
Ethambutol
Pyrazinamide
Streptomycin R rrs n.799C>T (0.46)
Fluoroquinolones
Moxifloxacin
Ofloxacin
Levofloxacin
Ciprofloxacin
Aminoglycosides R rrs n.1402C>A (0.24), rrs n.1484G>T (0.17)
Amikacin R rrs n.1402C>A (0.24), rrs n.1484G>T (0.17)
Capreomycin R rrs n.1402C>A (0.24), rrs n.1484G>T (0.17)
Kanamycin R rrs n.1402C>A (0.24), rrs n.1484G>T (0.17)
Cycloserine
Ethionamide
Clofazimine
Para-aminosalicylic_acid
Delamanid
Bedaquiline
Linezolid
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.94
rpoC 763501 p.Asp44Glu missense_variant 0.96
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471925 n.80_81insAAGCTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471929 n.84C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1471931 n.87_89delAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1471967 n.122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471980 n.135G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1471981 n.136C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472447 n.602C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472461 n.616G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472485 n.640delGinsTA non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472489 n.644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473290 n.1445_1446delCGinsTGT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474181 n.524_527delCCTCinsTAA non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474286 n.629C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474552 n.895C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475756 n.2101_2108delACCCGCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475767 n.2110_2112delGGTinsTCATTTTGGTGGC non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
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rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475990 n.2333G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476034 n.2377_2378insACAT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476048 n.2391G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476049 n.2392C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476076 n.2419A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
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rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
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