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Run: ERR2514533
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Run ID: ERR2514533

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:23:52

Number of reads: 613106

Percentage reads mapped: 92.95

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
fgd1 491206 c.424C>T synonymous_variant 0.12
fgd1 491285 p.Gly168Val missense_variant 0.12
rpoB 759615 c.-192A>C upstream_gene_variant 0.23
rpoC 764782 c.1413C>T synonymous_variant 0.1
rpoC 764857 c.1488G>A synonymous_variant 0.2
atpE 1460907 c.-138T>C upstream_gene_variant 0.17
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472424 n.582delT non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474308 n.651G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rpsA 1834761 p.Phe407Ser missense_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2167727 c.2886C>T synonymous_variant 0.18
PPE35 2170066 p.Ala183Thr missense_variant 0.11
thyA 3073934 p.Ser180Gly missense_variant 0.14
ald 3087211 p.Ala131Val missense_variant 0.1
fprA 3474216 c.210G>A synonymous_variant 0.11
embC 4242234 p.Pro791Leu missense_variant 0.15
embC 4242374 p.Arg838Trp missense_variant 0.14
embC 4242420 p.Ser853Thr missense_variant 0.17
embC 4242421 c.2562_2580delGCGAGCCGGCGTGCAGGTG frameshift_variant 0.21
embC 4242444 p.Pro861His missense_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0