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Run: ERR2514673
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Run ID: ERR2514673

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:29:49

Number of reads: 2224538

Percentage reads mapped: 98.03

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 760106 c.300G>A synonymous_variant 1.0
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4240294 c.432G>A synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338513 c.9C>T synonymous_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0