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Run: ERR2514968
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Run ID: ERR2514968

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:40:19

Number of reads: 682961

Percentage reads mapped: 95.22

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 7058 p.Ile607Val missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 8110 p.Val270Gly missense_variant 0.11
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620537 p.Val216Gly missense_variant 0.33
ccsA 620777 p.Asn296Ser missense_variant 0.11
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.18
rpoB 760223 c.417T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761631 p.Ala609Ser missense_variant 0.25
rpoB 762218 c.2412T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762234 p.Pro810Ser missense_variant 0.12
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762248 c.2442G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762254 c.2448T>C synonymous_variant 0.15
rpoB 762275 c.2469C>T synonymous_variant 0.17
rpoC 764573 p.Leu402Ile missense_variant 0.11
rpoC 764578 c.1209C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.15
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.15
rpoC 764653 c.1284G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 765818 p.Leu817Met missense_variant 0.12
rpoC 766684 c.3315C>T synonymous_variant 0.14
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 775891 p.Ala864Thr missense_variant 0.17
mmpL5 777136 p.Met449Leu missense_variant 0.17
mmpL5 777142 p.Val447Met missense_variant 0.15
mmpS5 778752 p.Asp52Asn missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801146 p.Asp113Gly missense_variant 0.25
fbiC 1303095 c.165G>A synonymous_variant 1.0
fbiC 1303216 c.286C>A synonymous_variant 0.12
fbiC 1304458 p.Thr510Ala missense_variant 0.29
fbiC 1304930 p.Thr667Ile missense_variant 0.17
fbiC 1304959 p.Arg677Cys missense_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
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rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
inhA 1674320 p.Gly40Glu missense_variant 0.12
inhA 1674738 c.537C>A synonymous_variant 0.12
rpsA 1833787 c.246C>T synonymous_variant 0.12
rpsA 1834175 p.Arg212Gly missense_variant 0.12
rpsA 1834836 p.Met432Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103113 c.-71C>T upstream_gene_variant 0.14
katG 2156196 c.-85C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167848 p.Thr922Lys missense_variant 0.13
PPE35 2168126 c.2487C>T synonymous_variant 0.14
PPE35 2169377 p.Phe412Leu missense_variant 0.15
PPE35 2169393 p.Ala407Val missense_variant 0.14
PPE35 2169396 p.Gly406Asn missense_variant 0.14
PPE35 2169403 p.Thr404Pro missense_variant 0.12
PPE35 2169438 p.Phe392Ser missense_variant 0.1
PPE35 2169804 p.Ala270Glu missense_variant 0.2
PPE35 2170411 p.Ala68Ser missense_variant 0.18
Rv1979c 2223139 p.Tyr9Cys missense_variant 0.1
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2288784 p.Thr153Ile missense_variant 0.13
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
eis 2715295 p.Trp13Leu missense_variant 0.14
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.3
ahpC 2726443 p.Gly84Val missense_variant 0.12
folC 2746149 p.Arg484Cys missense_variant 0.12
folC 2746340 p.Ala420Val missense_variant 1.0
folC 2746896 p.Gly235Arg missense_variant 0.12
folC 2747249 p.Pro117Leu missense_variant 0.14
pepQ 2860203 p.Glu72Asp missense_variant 0.2
pepQ 2860419 c.-1C>A upstream_gene_variant 0.15
ribD 2986923 c.88delC frameshift_variant 0.12
Rv2752c 3064781 p.Gly471Ser missense_variant 0.14
thyX 3067210 p.Leu246Met missense_variant 0.12
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
thyA 3074332 p.Thr47Ile missense_variant 0.12
thyA 3074648 c.-177T>G upstream_gene_variant 0.13
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339469 p.Pro118Ser missense_variant 0.12
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3640405 c.-138G>T upstream_gene_variant 0.14
alr 3841186 p.Gln79* stop_gained 0.12
ddn 3987281 c.438C>T synonymous_variant 0.12
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4038540 p.Leu722Pro missense_variant 0.15
clpC1 4038968 c.1737G>A synonymous_variant 1.0
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