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Run: ERR2515013
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Run ID: ERR2515013

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:42:07

Number of reads: 667469

Percentage reads mapped: 95.5

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491092 p.Gly104Ser missense_variant 0.13
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777119 p.His454Gln missense_variant 0.16
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.16
mmpL5 777128 c.1353A>G synonymous_variant 0.15
mmpR5 779217 p.Gln76His missense_variant 0.11
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1417437 c.-90T>A upstream_gene_variant 0.1
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472207 n.362A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474157 n.500G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474182 n.525C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474199 n.542G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.543_544insG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474282 n.625G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475565 n.1908G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2154957 c.1155G>C synonymous_variant 0.14
katG 2155002 c.1110G>A synonymous_variant 0.17
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2519340 p.Val409Ala missense_variant 0.13
ahpC 2726341 p.Val50Gly missense_variant 0.18
thyX 3067643 c.303C>T synonymous_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
fbiB 3642109 p.Val192Asp missense_variant 0.15
fbiB 3642508 p.Gly325Asp missense_variant 0.2
clpC1 4040241 p.Thr155Phe missense_variant 0.12
clpC1 4040249 p.Glu152Gly missense_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4249757 p.Thr1082Ala missense_variant 1.0
aftB 4267101 p.Arg579His missense_variant 0.14
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
aftB 4269726 c.-890G>A upstream_gene_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0