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Run: ERR4814901
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Run ID: ERR4814901

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:33:27

Number of reads: 1438775

Percentage reads mapped: 96.81

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777119 p.His454Gln missense_variant 0.21
mmpL5 777122 c.1359C>T synonymous_variant 0.23
mmpL5 777128 c.1353A>G synonymous_variant 0.19
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473682 n.25T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473789 n.132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169902 p.Leu237Phe missense_variant 0.15
PPE35 2169910 p.Asn235Tyr missense_variant 0.16
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065694 c.498G>C synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 0.99
embA 4246486 p.Gly1085Val missense_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0