Run ID: ERR4816086
Sample name:
Date: 01-04-2023 14:13:53
Number of reads: 1049441
Percentage reads mapped: 97.48
Strain: lineage4.2.2.2
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.2 | Euro-American | H;T;LAM | None | 1.0 |
lineage4.2.2.2 | Euro-American (Ural) | T;LAM7-TUR | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 8688 | p.Ala463Ser | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491014 | p.Thr78Pro | missense_variant | 0.29 |
mshA | 576077 | c.730C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759615 | c.-192A>C | upstream_gene_variant | 0.27 |
rpoB | 759620 | c.-187A>C | upstream_gene_variant | 0.33 |
rpoB | 761489 | c.1683G>A | synonymous_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776402 | c.2079C>G | synonymous_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472078 | n.233C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1472122 | n.277G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.54 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
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