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Run: ERR4816147
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Run ID: ERR4816147

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:16:03

Number of reads: 2065419

Percentage reads mapped: 98.62

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761139 p.His445Asp missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620123 p.Arg78Gln missense_variant 1.0
rpoC 762590 c.-780C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472996 n.1151T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473034 n.1189A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473270 n.1425G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474921 n.1264C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476276 n.2619C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476279 n.2622G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476295 n.2638C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476306 n.2649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476311 n.2654G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 0.98
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726100 c.-93G>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
fbiB 3640879 c.-656C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ubiA 4269968 c.-135G>A upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326474 p.Pro334Ala missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0