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Run: ERR4816231
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Run ID: ERR4816231

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:18:47

Number of reads: 147480

Percentage reads mapped: 73.52

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5195 c.-45C>T upstream_gene_variant 0.4
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491014 p.Thr78Pro missense_variant 0.5
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.33
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.33
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.4
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 766225 c.2856G>A synonymous_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777072 p.Lys470Met missense_variant 0.29
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471928 n.83T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1471996 n.151C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472671 n.826G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472970 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472974 n.1129A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472977 n.1133dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473091 n.1246G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473099 n.1254T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473120 n.1275C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473132 n.1287T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473135 n.1290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473286 n.1441C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473289 n.1445delC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473346 n.1501G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473365 n.1520C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474286 n.629C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474287 n.630T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474289 n.632C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474290 n.633T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474293 n.637_651delCCTCTCCGGAGGAGG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474447 n.790G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474451 n.794T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474487 n.830G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474783 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474784 n.1127C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474837 n.1180A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474852 n.1195T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475688 n.2031G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475696 n.2039T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475703 n.2046A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475706 n.2049A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475735 n.2078T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475783 n.2126T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475791 n.2134A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476251 n.2594T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476256 n.2599A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476580 n.2923G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476592 n.2935G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
fabG1 1673380 c.-60C>G upstream_gene_variant 0.27
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