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Run: ERR4816569
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Run ID: ERR4816569

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:30:14

Number of reads: 3725979

Percentage reads mapped: 96.29

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761880 p.Ala692Thr missense_variant 1.0
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762266 c.2460T>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.11
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471978 n.133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472435 n.590T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472438 n.593T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472439 n.594C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472448 n.603T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472451 n.606C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472461 n.616G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472464 n.619A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472471 n.626G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472991 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473047 n.1202C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473094 n.1249T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1473844 n.187C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474185 n.529A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
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rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476584 n.2927C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476595 n.2938C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rpsA 1834836 p.Met432Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154459 c.1653C>T synonymous_variant 0.99
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518919 p.Gly269Ser missense_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407720 c.483C>G synonymous_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 0.99