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Run: ERR4817206
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Run ID: ERR4817206

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:51:52

Number of reads: 1112270

Percentage reads mapped: 96.16

Strain: lineage4.1.1.3.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 1.0
lineage4.1.1.3.1 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761277 p.Ile491Phe missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
pncA 2289223 p.Val7Leu missense_variant 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764015 p.Leu216Met missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765612 p.His748Pro missense_variant 0.97
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303601 p.Glu224Gly missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472593 n.748T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473289 n.1444_1445insTTTTG non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473694 n.37C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474181 n.524C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474182 n.525C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.543_544insG non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474288 n.632_633insATGC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474293 n.637_646delCCTCTCCGGA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474306 n.649A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
fabG1 1673560 p.Lys41His missense_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154695 p.Val473Leu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3074648 c.-177T>G upstream_gene_variant 0.21
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 1.0
aftB 4269540 c.-704C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0